1. 平台介绍

本仪器平台是一套面向空间多组学研究的完整解决方案，集成基于成像的空间多组学以及基于测序的空间多组学两大核心空间组学技术路线相关设备，覆盖从原位空间转录组成像到空间基因表达与染色质可及性联合分析的全流程实验需求。平台致力于为肿瘤微环境解析、神经发育图谱构建、免疫学研究及精准医学等领域提供从单细胞空间定位到多组学调控机制解析的一站式技术支撑。

2. 核心优势/亮点

该平台现已配备Vizgen MERSCOPE超高分辨空间原位成像系统与微流控空间多组学平台；其中MERSCOPE系统兼容FFPE及新鲜冷冻样本，可同时靶向多达1,000个自定义基因，支持与多达6种蛋白共检测，实现真正的空间多组学测量。微流控空间多组学平台在保留原位空间信息的同时，同步捕获同一细胞核内的染色质可及性（ATAC）信息和基因表达（RNA）信息。结合生物信息学工具实现多组学数据的空间聚类与时序整合分析。

微流控空间多组学平台（自研）

超高分辨空间原位成像系统

3. 应用场景

该平台中MERSCOPE可对新鲜冷冻切片样本以及FFPE样本进行亚微米级分辨率的单细胞乃至亚细胞水平的空间转录组以及空间蛋白组的分析；微流控空间多组学平台可通过测序的方式对新鲜冷冻切片样本同时进行细胞内ATAC和RNA两种组学信息的捕获。

4. 核心原理、技术、成果/进展配图等

Vizgen MERSCOPE是全球首个商用高多重、高分辨率原位单细胞空间基因组学解决方案。平台基于MERFISH（多重抗错荧光原位杂交）技术，无需测序即可直接可视化和定量组织中数百至数千个RNA物种的空间分布。搭载新一代MERSCOPE Ultra后，成像面积扩展至3 cm²，通量提升至每周9 cm²，可同时靶向多达1,000个自定义基因。系统兼容FFPE及新鲜冷冻样本，支持与多达6种蛋白共检测，实现真正的空间多组学测量。亚微米级分辨率（100 nm像素尺寸）使其能够从全组织切片到单细胞乃至亚细胞水平进行精准解析。

微流控空间多组学平台基于MISAR-seq（Microfluidic indexing-based spatial assay for ATAC and RNA-sequencing）技术，通过微流控芯片依赖的靶向barcode递送系统，在保留细胞空间位置信息的前提下同时实现细胞内ATAC和RNA两种组学信息的捕获。每个空间单元可检测2,500–3,500个基因，数据质量与相应单组学数据接近甚至更优。该技术首次构建了小鼠脑发育的时空多组学图谱，揭示了启动子及增强子形成的顺式调控元件在发育中的具体调控机制。